微生物实验室建于2012年，是集实验、演示、教学研究等功能为一体的教学实践场所，实验室具有设备仪器合计40余台（套）。

实验室主要承担给排水科学与工程专业《水处理生物学》课程的实验。水处理生物学实验课程开设光学显微镜的操作及细菌个体形态的观察、微生物细胞数的计数、测微和染色、培养基的制备、灭菌和接种技术和细菌菌落总数（CFU）的测定等实验。