微生物实验室建于2012年，是集实验、竞赛、教学研究等功能为一体的教学实践场所，配备光电显微镜、超净工作台、高压灭菌锅、超速冷冻离心机等40余台（套）实验设备，实验室有自编实验指导书1部。

实验室主要承担给排水科学与工程专业《水处理生物学》课程的实验任务。根据给排水科学与工程专业教学指导委员会规范要求，本实验室所开设的实验内容能够满足该专业的教学要求，每年约承担1600人·时的实验教学工作量。

实验室现有1名博士教师和1名专职实验师，微生物实验室除了每年服务学生教学课程和完成实验课程教学改革之外，还进行给排水科学与工程专业的毕业设计和学科竞赛等任务，都取得了不错的成绩。