2007年，建筑工程系设有土木工程专业及环境工程（环保与给水排水）专业。首批招收学生土木工程专业98名，环境工程专业103名。

2008年，建筑工程系设有土木工程专业、环境工程专业，新增水利水电工程专业。招收学生土木工程专业128名，环境工程专业87名，水利水电工程专业76名。

2009年，建筑工程系设有土木工程专业、环境工程专业、水利水电工程专业，新增港口航道与海岸工程专业。招收学生土木工程专业144名，环境工程专业96名，水利水电工程专业79名，港口航道与海岸工程专业招生69名。

2010年，建筑工程系设有土木工程专业、环境工程专业、水利水电工程专业、港口航道与海岸工程专业，新增船舶与海洋工程专业。招收学生土木工程专业148名，环境工程专业107名，水利水电工程专业97名，港口航道与海岸工程专业84，船舶与海洋工程专业73名。

2011年，建筑工程系设有土木工程专业、环境工程专业、水利水电工程专业、港口航道与海岸工程专业、船舶与海洋工程专业。招收学生土木工程专业161名，环境工程专业110名，水利水电专业102名，港口航道与海岸工程专业75名，船舶与海洋工程77名。

2012年，建筑工程系设有土木工程专业、环境工程专业、水利水电工程专业、港口航道与海岸工程专业、船舶与海洋工程专业。招收学生土木工程专业161名，环境工程专业120名，水利水电专业118名，港口航道与海岸工程专业109名，船舶与海洋工程102名。

2013年，建筑工程系设有土木工程专业、环境工程专业、水利水电工程专业、港口航道与海岸工程专业、船舶与海洋工程专业，新增给排水科学与工程专业。招收学生土木工程专业137名，环境工程专业59名，水利水电专业名76，港口航道与海岸工程专业68名，船舶与海洋工程专业67名，给排水科学与工程专业75名。

2014年，建筑工程系设有土木工程专业、水利水电工程专业、港口航道与海岸工程专业、船舶与海洋工程专业、给排水科学与工程专业，取消环境工程专业。招收学生土木工程专业136名，水利水电专业79名，港口航道与海岸工程专业65名，船舶与海洋工程66名，给排水科学与工程专业103名。